氣相色譜儀中都會使用到氣相色譜柱，可以說這是比較重要的一部分了。氣相色譜柱的分離效果主要取決于其固定相，柱長度，柱內徑，液膜厚度這幾個因素，從原理上講，這幾個因素相同的柱子，其分離效果是完全一樣的。磐諾氣相色譜儀下面說說柱長度的選擇方式。
便攜式氣相色譜儀PGC-86
分辨率與柱長的平方根成正比。在其他條件不變的情況下,為取得加倍的分辨率需有4倍的柱長。較短的柱子適于較簡單的樣品,尤其是由那些在結構、極性和揮發性上相差較大的組分組成的樣品。
一般來說：
15m的短柱用于快速分離較簡單的樣品，也適于掃描分析。
30m的色譜柱是常用的柱長，大多數分析在此長度的柱子上完成。
50m、60m或更長的色譜柱用于分離比較復雜的樣品。
應該注意，柱長增加分析時間也增加。
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